İnekler birer "biyolojik motor" gibi sürekli ısı ve nem üretirler. Ahır içindeki amonyak gazı, karbondioksit ve nem uzaklaştırılmazsa sürüde zatürre ve süt verim kaybı kaçınılmazdır. Ahır havalandırma sistemleri doğal ve mekanik olmak üzere ikiye ayrılır.
Sera tipi ahırlarda genellikle "doğal havalandırma" tercih edilir. Isınan havanın yukarı çıkma (baca) etkisinden yararlanarak, çatı tepe noktasında yer alan mahya açıklığından kirli hava dışarı atılırken, yan perdelerden temiz hava içeri alınır. Rüzgarsız ve çok sıcak bölgelerde ise bu sistemi desteklemek için tavana asılan sirkülasyon fanları (mekanik havalandırma) devreye sokulur.
