Hayvancılıkta en kârlı işletme, hayvanları hiç hastalanmayan işletmedir. Bir işletmenin veteriner ve ilaç giderleri toplam maliyetin %5'ini geçiyorsa, orada ciddi bir ahır hijyeni sorunu var demektir.
Hijyen yönetimi sadece gübrenin temizlenmesi değildir. Sağımhane temizliği, buzağı kulübelerinin dezenfeksiyonu, ayak banyolarının düzenli yenilenmesi ve havalandırma kontrolü hijyenin ayrılmaz parçalarıdır. Özellikle sera tipi ahırlarda güneş ışığının (UV) doğal dezenfektan etkisinden maksimum düzeyde faydalanılır; ancak yataklıkların her gün taranması ve yürüme yollarının otomatik sıyırıcılarla temizlenmesi kritik önem taşır.